Francesco “celebrava con ineffabile premura il Natale del Bambino Gesù, e chiamava festa delle feste il giorno in cui Dio, fatto piccolo infante, aveva succhiato ad un seno umano”. Al Natale si preparava intensamente, tanto da stabilire – nella Regola – un digiuno per i frati dalla festa di Tutti i Santi fino alla Natività del Signore: è la cosiddetta quaresima di san Martino, che il Santo osservava regolarmente, spesso trattando duramente il proprio corpo.

Ecco come uno dei biografi, Tommaso da Celano, narra la scena, svoltasi nella valle reatina, a Greccio, nella notte del 25 dicembre 1223. 
"C'era in quella contrada un uomo di nome Giovanni, di buona fama e di vita anche migliore, ed era molto caro al beato Francesco perché, pur essendo nobile e molto onorato nella sua regione, stimava più la nobiltà dello spirito che quella della carne. Circa due settimane prima della festa della Natività, il beato Francesco, come spesso faceva, lo chiamò a sé e gli disse: "Se vuoi che celebriamo a Greccio il Natale di Gesù, precedimi e prepara quanto ti dico: vorrei rappresentare il Bambino nato a Betlemme, e in qualche modo vedere con gli occhi del corpo i disagi in cui si è trovato per la mancanza delle cose necessarie a un neonato, come fu adagiato in una greppia e come giaceva sul fieno tra il bue e l'asinello". Dopo averlo ascoltato, il fedele amico se ne andò sollecito ad approntare nel luogo designato tutto l'occorrente, secondo il disegno esposto dal Santo. 

Quella notte era chiara come pieno giorno e dolce agli uomini e agli animali! La gente accorre e si allieta di un gaudio mai assaporato prima, davanti al nuovo mistero. La selva risuona di voci e le rupi imponenti echeggiano i cori festosi. I frati cantano lodi al Signore, e la notte sembra tutta un sussulto di gioia. Il Santo è li estatico di fronte al presepio, lo spirito vibrante di compunzione di gaudio ineffabile. Poi il sacerdote celebra solennemente l'Eucaristia sul presepio e lui stesso assapora una consolazione mai gustata prima. 

Francesco si è rivestito dei paramenti diaconali, perché era diacono, e parla al popolo rievocando  il neonato Re povero e la piccola città di Betlemme. Spesso, nominando Cristo Gesù, infervorato, lo chiamava "il Bambino di Betlemme", riempiendosi la bocca di voce e ancor più di tenero affetto, trattenendo tutta la dolcezza di quelle parole. 
Ad uno dei presenti, uomo virtuoso, sembra che il Bambinello giaccia privo di vita nella mangiatoia, e Francesco gli si avvicini, lo desti da quella specie di sonno profondo. Certo, il fanciullo Gesù veniva risuscitato nei cuori di molti, che l'avevano dimenticato. Terminata quella veglia solenne, ciascuno tornò a casa sua pieno di ineffabile gioia. 
Francesco d'Assisi diventa nella storia il santo del presepe. Ma non già di un presepe di belati di pecorelle, di ingenui pastori adoranti e di solenni magi che vanno in corteo alla grotta del Neonato re dei giudei. Per Francesco il presepe non è il ritmare i sogni dei bimbi o i rimpianti nostalgici degli adulti. Il presepe è per lui la drammatizzazione dell'amore che spinse il Figlio di Dio a farsi figlio dell'uomo a costo anche di venire al mondo e di vagire tra ragnatele e fieno e alito pesante di animali in una grotta.